ეკლესია 1898-1903 წლებში შენდებოდა. თავდაპირველად, აშენდა გოთიკური აღორძინების დიზაინით, როგორც კათოლიკური ეკლესია. მისი აგება სტეფანე ზუბალაშვილის დედის — ელისაბედის ოცნება ყოფილა. გარდაცვალების წინ დედას სტეფანესთვის სიტყვიერად უთხოვია ბათუმში „წმინდა ტაძრის აგება“, მისი სულის მოსახსენებლად. მშენებლობის ღირებულებამ 250 ათას რუბლს მიაღწია.

იცოდით თუ არა, რომ...

1. საბჭოთა პერიოდში ეკლესია დაიხურა და სხვადასხვა მიზნებისთვის გამოიყენებოდა, მათ შორის იყო მაღალი ძაბვის ლაბორატორია და არქივი.

2. 1970 წელს ეკლესიის შენობა შეაკეთეს.

3. 1980 წელს ტაძარი გადასცეს საქართველოს მართლმადიდებელ ეკლესიას.

4. 1989 წლის 16 მაისს საქართველოს კათალიკოს-პატრიარქმა ილია II-მ ბათუმის ღვთისმშობლის ეკლესია აკურთხა და დაახლოებით, 5000 ადამიანი მონათლა.